Setiap grup diisi lima tim dengan format home tournament setengah kompetisi. Nantinya juara dan runner up grup bakal lolos ke babak 32 besar.
Babak 32 besar dijadwalkan berlangsung tanggal 11-16 Mei 2024, terbagi dalam 8 grup yang diisi oleh 4 tim, dengan format sistem home tournament setengah kompetisi.
Kemudian, juara dan runner up grup akan berhak untuk lolos dan maju ke babak 16 besar yang akan berlangsung mulai 19-24 Mei 2024.
Berikutnya, juara dan dan runner up dari babak 16 akan mendapat tiket ke laga pada babak 8 besar dan akan bertanding mulai tanggal 27 Mei sampai 1 Juni 2024.
Hasil dari sini bakal melenggang mengisi duel hijau pada babak semifinal pada tanggal 4 Juni 2024 dengan sistem knock out-single match, pemenang pertandingan akan lolos ke final.
Puncaknya, laga final lapangan hijau Liga 3 Nasional akan berlangsung tanggal 7 Juni 2024, untuk menentukan juara Liga 3 Nasional.
Drawing Kompetisi Liga 3 Putaran Nasional Tahun 2023/2024:
Grup A: MBS United Batam, Persikota Tangerang, Persab Brebes, Kertanegara Mesra FC, Persidago Gorontalo
Grup B: Tornado FC, PCB Persipasi Kota Bekasi, PS Kabupaten Tapin, PS Mataram, Morotai FC